В XIV веке в состав города входили Кремль, Китай-город, Белый город. Москва в те годы часто подвергалась пожарам. В 1521 году предместья Москвы пожгли крымские татары Мехмед-Гирея, действующие совместно с казаками Евстафия Дашкевича.К началу XVII века в состав Москвы вошёл Земляной город. Появились Ямская слобода, Мещанская, Немецкая слобода.
В 1571 году Москва была сожжена крымским ханом Девлет-Гиреем, но татарам не удалось взять сам Кремль.
В 1591 году от стен Москвы отбиты крымские татары Казы-Гирея.
В 1606 году от стен Москвы были отбиты отряды Болотникова.
В 1608—1610 годах Москву пытался взять Лжедмитрий II, организовавший неподалёку от неё Тушинский лагерь.
В 1610 году Москва была занята поляками Жолкевского после избрания русским царём польского королевича Владислава.
В 1611 году Москву пыталось отбить у поляков Первое народное ополчение Прокопия Ляпунова.
В 1612 году Москва была взята у поляков войсками ополчения Минина и Пожарского. На подступах к городу разбиты войска польского гетмана Адама Жолкевского.
В 1618 году от Москвы отбиты войска польского королевича Владислава.
К 1712 году столица России была переведена в Санкт-Петербург, в 1728 возвращена в Москву, а в 1730 — вновь в Петербург, но Москва осталась местом коронации императоров.
В 1754 году Михаилом Ломоносовым по приказу императрицы Елизаветы основан Московский университет.
В 1771 году в Москве разгорелась эпидемия чумы, которая унесла жизни более чем 50 тысяч человек (четверть тогдашнего населения города). На пике эпидемии умирало больше тысячи человек в день, трупы не успевали убирать с улиц, а страсти в городе накалились настолько, что привели к Чумному бунту. В качестве одной из мер по прекращению эпидемии был издан указ Правительствующего Сената «О мерах к прекращению эпидемий и устройству кладбищ» от 17 ноября 1771 года, который запретил во всех городах погребения при церквах и потребовал создать новые кладбища за городской чертой (одним из первых было Миусское кладбище). Эпидемия также особенно остро поставила вопрос о водоснабжении города, и Екатерина II, следуя наказам москвичей, 28 июня 1779 года подписала указ о строительстве московского водопровода.
Во время Отечественной войны 1812 года Москва была занята французами и сильно пострадала от пожара. После этого Москва полностью восстановилась, был построен Храм Христа Спасителя. К концу XIX века в Москве появился трамвай.
После отмены в 1861 году в России крепостного права резко ускорился рост населения Москвы. Так, если в 1864 г. в ней проживало 364 тыс. человек, то в 1882 г. — уже 752 тыс. человек[7]. Незадолго до проведения переписи населения Российской империи 1897 года население города перешагнуло миллионный рубеж и составило на момент переписи (28 января 1897 года) 1 038 591 человек[8].
В 1918 году Москва становится столицей РСФСР. Началась новая, советская эпоха в развитии города.